微生物生长和酸败是乳制品变质的主要原因。乳制品变质类型取决于具体产品的特性。硬奶酪的水活性相对较低，通常易受霉菌生长的影响；而奶油和软奶酪等水活性较高的乳制品更容易受到发酵和酸败的影响。
乳制品加工业大量使用乳酸菌，它可以降低乳制品的pH值，从而使其变酸，因此乳酸菌也是乳制品变质的原因之一。如果采用不正确的气氛包装，二氧化碳含量过大，会进一步加剧乳酸菌导致的变质(比如农家奶酪包装)。
利用二氧化碳防止霉菌生成
硬奶酪主要使用二氧化碳(CO2)包装。二氧化碳可以有效地抑制/降低微生物活性，并有利于保持乳制品质地。二氧化碳浓度低至20%就可以有效抑制真菌生长。乳酸菌是奶酪的天然成分，不易受到周围空气的影响。
软奶酪同样采用高二氧化碳含量和低氧气含量的气氛包装，以有效抑制细菌生长和酸败。
硬奶酪包装使用的二氧化碳浓度可高达100%，而软奶酪包装使用的二氧化碳浓度则通常限制在20-40%之间。之所以这样是为了防止二氧化碳溶于水后，在大气压力作用下导致的包装塌陷。
奶酪粉或奶酪片等增值奶酪产品也采用气调包装。奶酪粉通常采用70%氮气和30%二氧化碳的气调包装。制造商将二氧化碳含量限制在30%可以避免包装塌陷。
发酵产品的新包装方法
过去，农家奶酪和酸奶等发酵食品不采用气调包装。但为了满足市场对延长保质期的需要，现在情况有所改变。比如，采用二氧化碳包装就可将农家奶酪的保质期延长一周。
奶油保鲜
在二氧化碳环境中，奶油和乳制品会很快变酸。制造商用氮气代替氧气，可以防止乳制品酸败和好氧菌生长。
